این پروتئین از سه زنجیره بلند تشکیل شده است که هر کدام بیش از ۱۰۰۰ اسید آمینه دارند. این زنجیره‌ها به هم پیچیده شده‌اند تا یک مارپیچ سه‌گانه را تشکیل دهند، ساختاری منحصر به فرد در زیست‌شناسی که ساخت فیبریل‌های کشیده را ممکن می‌سازد. ترکیب اسید آمینه غیرمعمول کلاژن با محتوای بالای هیدروکسی پرولین، گلیسین و پرولین مشخص می‌شود.
۲۸ نوع کلاژن شناسایی شده است. آن‌ها در قسمت‌های مختلف بدن وجود دارند و بر اساس ساختارهایی که تشکیل می‌دهند، در چندین گروه طبقه‌بندی می‌شوند: فیبریلی (نوع I، II، III، V، XI) یا غیر فیبریلی (بیشتر انواع دیگر).